Η Σαντορίνη παλιά ήταν στρογγυλό νησί, αλλά κατά τη διάρκεια του σεισμού το 15ο αιώνα π.Χ. πήρε τη μορφή που έχει σήμερα. Αυτός είναι ένας από τους λόγους που πολλοί πιστεύουν ότι η Σαντορίνη, πραγματικά ήταν η Ατλαντίδα κάποτε.
Ο Μινωικός πολιτισμός καταστράφηκε μετά από αυτήν την έκρηξη, αλλά απ ‘ότι φαίνεται, οι περισσότεροι άνθρωποι κατόρθωσαν να διαφύγουν.
Το νησί έχει αλλάξει ονόματα μέσα από την ιστορία. Αρχικά είχε ονομαστεί Στρογγυλή, δεδομένου ότι έτσι ήταν το σχήμα του νησιού. Όταν ήρθαν οι Φοίνικες την ονόμασαν Καλλίστη και τελικά πήρε το όνομα Θήρα από τον πρώτο της ηγεμόνα Θήρα.
Ο Θήρας ήταν γιος του Θηβαίου ήρωα Αφτεσίων ο οποίος ήταν απόγονος του Κάδμου. Διετέλεσε αντιβασιλέας της Σπάρτης και υπεύθυνος για τα δίδυμα ανίψια του Προκλή και Ευρυσθένη. Όταν μεγάλωσαν τα ανίψια του, ο Θήρας μαζί με άλλους αριστοκράτες εγκατέλειψαν τη Σπάρτη και κατοίκησαν στη Σαντορίνη.
Οι Ρωμαίοι αρχικά χρησιμοποίησαν το νησί ως τόπο για τους εξόριστους, αλλά αργότερα βοήθησε στην οικοδόμηση του νησιού. Ο εκχριστιανισμός της Σαντορίνης πραγματοποιήθηκε μεταξύ του 2ου και 5ου αιώνα. Το νησί λεηλατήθηκε συχνά και καταστράφηκε από τους πειρατές, το 1204 κατακτήθηκε από τους Ενετούς. Ήταν περίπου τότε που το νησί πήρε το σημερινό του όνομα. Η πολιούχος του νησιού ήταν η Αγία Ειρήνη -Σαντα Ιρινι- και οι καθολικοί ναύτες την αποκαλούσαν Σανταρίνη – έτσι τελικά έγινε Σαντορίνη.
Το νησί καταστράφηκε από τους Ενετούς το 1354, και για άλλη μια φορά στο 1397, αυτή τη φορά από την κατάκτηση των Τούρκων. Το 1821 η Σαντορίνη ένωσε τις δυνάμεις της με την ελληνική επανάσταση και στη συνέχεια το νησί απελευθερώθηκε από τον τουρκικό ζυγό. Το 1956 συνέβη ένας φοβερός σεισμός που προκάλεσε τεράστιες καταστροφές στο νησί. Πολλοί κάτοικοι στο Καμάρι προέρχονται από ένα χωριό που καταστράφηκε ολοκληρωτικά τότε.